Publican genoma de patógeno del salmón en Chile

Un equipo de investigación chileno ha publicado las secuencias genómicas preliminares de dos aislados de Tenacibaculum finnmarkense, un patógeno bacteriano emergente que causa brotes de tenacibaculosis en el salmón del Atlántico (Salmo salar) en granjas de cultivo. Este avance científico proporciona los primeros datos genómicos detallados de cepas chilenas, que hasta ahora eran muy limitados. El análisis de los aislados, denominados LB-P5 y P3-BQB, reveló una alta identidad nucleotídica con el genomovar ulcerans, una de las subdivisiones taxonómicas de la especie. La publicación de estos genomas es un hito fundamental que sienta las bases para el desarrollo de herramientas de diagnóstico genómico de alta precisión, métodos de tipificación molecular y el diseño de nuevas estrategias de prevención, como vacunas, para proteger la salud de los peces en la industria de la acuicultura.

Se ha completado y publicado la secuenciación, ensamblaje y anotación de los genomas preliminares de dos cepas de Tenacibaculum finnmarkense. El estudio, titulado "Draft genome sequences of Tenacibaculum finnmarkense isolates from diseased Atlantic salmon (Salmo salar) in Chilean farms", detalla las características de esta bacteria Gram negativa, aerobia obligada y con motilidad por deslizamiento. Los ensambles genómicos resultantes arrojaron tamaños de 2.75 y 2.80 Mbp para las cepas LB-P5 y P3-BQB, respectivamente, con un contenido de G+C de aproximadamente 31.0%. Notablemente, el análisis bioinformático no detectó la presencia de plásmidos en ninguno de los dos aislados. La identificación taxonómica se confirmó mediante herramientas como JSpeciesWS y GTDB-Tk, que demostraron una identidad nucleotídica promedio superior al 98.6% con la cepa de referencia del genomovar ulcerans.

Este importante trabajo de investigación fue liderado por dos destacados científicos chilenos: el Dr. Rubén Avendaño-Herrera y la Dra. Mónica Saldarriaga-Córdoba. El Dr. Avendaño-Herrera está afiliado a la Universidad Andrés Bello (UNAB), específicamente al Laboratorio de Patología de Organismos Acuáticos y Biotecnología Acuícola y al Centro de Investigación Marina Quintay (CIMARQ). La Dra. Saldarriaga-Córdoba pertenece a la Escuela de Medicina Veterinaria de la Universidad Bernardo O'Higgins (UBO). Ambos investigadores son también parte del Centro FONDAP de Investigación Interdisciplinaria para la Acuicultura Sostenible (Centro Incar). El estudio contó con el respaldo financiero de la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo de Chile (ANID) a través de los proyectos FONDECYT 1230068 y FONDAP 1523A0007, ambos adjudicados al Dr. Avendaño-Herrera.

El origen de los aislados bacterianos se sitúa en centros de cultivo de salmón del Atlántico del sur de Chile. Específicamente, las cepas fueron recuperadas de peces que presentaban signos clínicos de tenacibaculosis, como lesiones cutáneas y branquiales. El aislado LB-P5 fue obtenido durante un brote en una granja ubicada en las coordenadas 42°54′59″S, 72°42′30″O, mientras que el aislado P3-BQB proviene de un evento similar en un sitio diferente, en las coordenadas 45°01′47″S, 73°37′29″O. Las muestras se cultivaron en placas de Agar Marino 2216, donde las colonias dominantes de pigmentación amarilla fueron seleccionadas para su posterior análisis. La secuenciación y el análisis bioinformático se llevaron a cabo utilizando infraestructura y software especializado en los laboratorios de los investigadores y a través de servicios externos como SeqCenter en EE. UU.

La investigación abarca un período que va desde la recolección de las muestras hasta la publicación de los resultados. Los brotes de tenacibaculosis de los cuales se obtuvieron los aislados ocurrieron en julio de 2017 (cepa LB-P5) y junio de 2018 (cepa P3-BQB). El contexto temporal de este patógeno es relativamente reciente; T. finnmarkense fue descrito por primera vez en Noruega en 2016, y su validación taxonómica, junto con la propuesta de subdivisión en los genomovares finnmarkense y ulcerans, no se formalizó hasta 2020. El manuscrito científico que detalla estos hallazgos fue recibido para su revisión en abril de 2025, aceptado en junio de 2025 y finalmente publicado el 18 de julio de 2025, siendo divulgado por medios especializados pocos días después.

La relevancia de este estudio es multifactorial y tiene implicaciones directas para la salmonicultura. Primero, aborda una brecha de conocimiento crítica sobre la diversidad genómica de T. finnmarkense en Chile, ya que hasta ahora solo se había analizado un genoma de un aislado local. Segundo, la publicación de estas secuencias genómicas es un paso indispensable para el desarrollo de herramientas de diagnóstico molecular más sensibles y específicas, lo que permitiría una detección temprana de la tenacibaculosis y una mejor vigilancia epidemiológica. Finalmente, y quizás lo más importante, esta información genómica sobre los aislados chilenos, particularmente del genomovar ulcerans, es crucial para el diseño racional de estrategias de prevención efectivas, incluyendo la formulación de prototipos de vacunas que puedan proteger a los peces contra las cepas circulantes en la región, mitigando así el impacto económico y sanitario de la enfermedad en la acuicultura.

El propósito fundamental de esta investigación es proporcionar una base de datos genómicos robusta que hasta ahora era inexistente para las cepas chilenas de Tenacibaculum finnmarkense. La secuenciación de estos genomas tiene un objetivo eminentemente aplicado: facilitar el desarrollo de herramientas de diagnóstico genómico de alta especificidad, métodos de tipificación molecular para estudios epidemiológicos y, crucialmente, estrategias de prevención para la acuicultura. Al caracterizar genéticamente los aislados locales, se obtienen conocimientos preliminares sobre los factores de virulencia potenciales que albergan estas bacterias. Esta información es el prerrequisito indispensable para el diseño de futuras vacunas o terapias dirigidas que sean efectivas contra las variantes del patógeno que circulan específicamente en las granjas de salmón chilenas, contribuyendo así a la sanidad y sostenibilidad de la industria acuícola nacional.

El proceso metodológico comenzó con el aislamiento de las colonias bacterianas dominantes a partir de muestras de lesiones cutáneas y branquiales de salmones enfermos. Estas se cultivaron en placas de Agar Marino 2216 a 18°C. Posteriormente, se purificó el ADN genómico de los aislados cultivados para su secuenciación mediante la tecnología de Illumina NextSeq 2000, generando lecturas de extremos emparejados. A continuación, se ejecutó un riguroso pipeline bioinformático que incluyó un control de calidad de las lecturas brutas, el preprocesamiento para eliminar bases de baja calidad y duplicados, y el ensamblaje de novo del genoma mediante el software SPAdes. Finalmente, los genomas ensamblados fueron evaluados en calidad y completitud, y se procedió a su anotación funcional utilizando servidores como RAST para identificar los genes y sus posibles funciones.

Los autores del estudio, Dr. Avendaño-Herrera y Dra. Saldarriaga-Córdoba, enfatizan que su trabajo proporciona "conocimientos iniciales sobre la genómica de este patógeno", destacando que hasta la fecha "existen datos limitados sobre los aislados chilenos". Según detallan, mientras que la especie T. finnmarkense fue descrita por primera vez en Noruega en 2016, su validación taxonómica y subdivisión en los genomovares finnmarkense y ulcerans es tan reciente como 2020. Subrayan que sus hallazgos identifican inequívocamente a los aislados chilenos dentro del genomovar ulcerans. La conclusión principal de los expertos es que esta publicación ofrece los primeros detalles genómicos de cepas de T. finnmarkense genomovar ulcerans aisladas en brotes de tenacibaculosis en Chile, sentando una base fáctica para futuras investigaciones sobre su virulencia.

Con la publicación y depósito de estas secuencias genómicas en bases de datos públicas como GenBank, el siguiente paso es que la comunidad científica utilice esta información para avanzar en múltiples frentes. Los propios autores señalan que se requieren estudios bioquímicos y fisiológicos adicionales para validar y comprender funcionalmente los detalles genómicos sobre la virulencia potencial que han revelado. A mediano plazo, estos datos genómicos serán cruciales para el diseño de cebadores y sondas para métodos de diagnóstico molecular tipo qPCR, así como para la selección de antígenos candidatos en el desarrollo de prototipos de vacunas. La investigación futura se orientará, por tanto, a traducir este conocimiento genómico en herramientas prácticas de control y prevención que fortalezcan la inmunidad de los peces contra la tenacibaculosis en el contexto de la salmonicultura chilena.

En conclusión, la publicación de los genomas preliminares de los aislados LB-P5 y P3-BQB de Tenacibaculum finnmarkense constituye un avance sustancial para la patología acuícola en Chile. Este estudio no solo confirma la circulación del genomovar ulcerans en brotes de tenacibaculosis en granjas de salmón del Atlántico, sino que también aborda una crítica escasez de datos genómicos sobre las cepas locales. La relevancia de este hito es subrayada por los propios investigadores, quienes señalan la importancia del hallazgo para el futuro de la sanidad en la acuicultura. [Avendaño-Herrera y Saldarriaga-Córdoba]: Este trabajo proporciona conocimientos iniciales sobre la genómica de este patógeno y ofrece detalles genómicos sobre su virulencia potencial, que ahora requieren más estudios para poder desarrollar herramientas de diagnóstico, métodos de tipificación y estrategias de prevención para la acuicultura. Por lo tanto, estos datos genómicos se erigen como el pilar fundamental para futuras investigaciones aplicadas, orientadas a mitigar el impacto de esta enfermedad emergente.

EQUIPO DE INVESTIGADORES